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Seit dem Mittelalter wurden Schweinswale direkt  bejagt, insbes. im Kleinen Belt. Diese Jagd wurde zum Ende des 19. Jahrhunderts eingestellt, einmal weil die Nachfrage fehlte, zum anderen weil die Bestände so stark geschrumpft waren.

Nach einer Hypothese eines  dänischen Wissenschaftlers soll die Population oder Subpopulation der Schweinswale in der Ostsee durch die übermäßige Bejagung so stark zurückgegangen sein, dass sich der Bestand nicht wieder erholt hat. Die jährlichen  Wanderungen der Tiere durch die Belte und Sunde finden nur noch in geringem Umfang oder gar nicht mehr statt. Natürliche Feinde hat der Schweinswal in der Ostsee, in denen Haie und Schwertwale nicht vorkommen keine.  Überraschende Eisbildungen in strengen Wintern können Schweinswalen manchmal zum Verhängnis werden, wenn sie es nicht mehr vermögen, die Eisdecke zu durchbrechen, um Luft zu holen oder eine eisfreie Fläche zu erreichen.  So sollen viele Tiere in dem Winter 1928/29 bei Bornholm verendet sein. Fischer berichten ähnliches aus dem Winter 1960/61.
Heutzutage ist der Schweinswal hauptsächlich durch menschliche Aktivitäten vielfältigen  Bedrohungen ausgesetzt. Hier ist insbes. der unbeabsichtigte Fang in Grundstellnetzen zu nennen, die aus feinen Nylongarnen hergestellt sind, die von den Tieren nicht rechtzeitig als Gefahr erkannt werden können, in die  sie hinein schwimmen, sich verwickeln und ertrinken. Ebenso wichtig sind jedoch auch andere Faktoren wie Überfischung, störender Lärm und Umweltgifte, die sie über die Nahrungskette aufnehmen. Eine neue Bedrohung  stellen möglicherweise Windparkanlagen im Off-shore-Bereich dar, deren akustische Beeinträchtigung während der Bauphase aber auch auf Dauer schwer einzuschätzen ist. Da die wissenschaftlich gesicherten Daten über  Schweinswale, speziell in der Ostsee noch nicht ausreichend sind, ist es auch sehr schwer, über wirksame Schutzmaßnahmen zu entscheiden. Der zuverlässigste Weg, etwas für den Schutz dieser Tiere und damit für die  Arterhaltung zu tun, wäre es sicherlich, ausreichende Rückzugsgebiete wie z. Bsp. ein Walschutzgebiet auch in der Ostsee einzurichten und auszuweisen. Bis dahin ist es jedoch noch ein langer Weg. Ein entsprechender  Vorschlag wurde vom Umweltministerium in Kiel erst kürzlich als nicht erforderlich aber auch nicht durchsetzbar abgelehnt. Dennoch ist wahrscheinlich dies der einzige Weg, um den Bestand der Schweinswale in der  westlichen Ostsee zu schützen und für die nächsten hundert Jahre zu erhalten.